Противостояние организованной преступности в той или иной форме всегда входило в задачи правоохранительных органов. В 1940–1950-х годах этим занимались сотрудники отделов по борьбе с бандитизмом, входивших в состав Главного управления милиции Министерства внутренних дел СССР. В 1970-х годах в подразделениях уголовного розыска действовали отделы по особо важным делам и по борьбе с хищением государственной собственности.
В 1980-х годах напряженность на границах, а также проблемы в экономике страны, связанные с дефицитом товаров и общим замедлением темпов роста, создали новые угрозы безопасности. Участились случаи бандитизма, рэкета, похищений и других тяжких правонарушений. Поэтому 15 ноября 1988 года были сформированы так называемые шестые подразделения, основной задачей которых стала борьба с организованной преступностью внутри государства и на его границах. Именно этот день считается отправной точкой в истории данных подразделений.